電子內窺鏡是一種準確的機械設備，需要小心處理。特別是電子內窺鏡的光學鏡片表面需要保持不被劃傷。在化學纖維電子內窺鏡中，如果軟插入部分(軸)明顯彎曲，光纖線會破裂，屏幕上會有小黑點，圖像會變差。特別是與實際操作模塊相連的部分非常容易彎曲，所以佩戴時要小心。另外，放入盒中時，要注意不要用外蓋夾在軸上而損壞。
電子內窺鏡的類型和清洗/消毒方法可能因設備而異，但本文闡述了如何清洗/消毒不吸入通道電子內窺鏡，這也是吞咽電子內窺鏡的常用方法。
1)為保險起見，清潔消毒人員應穿戴防護服、膠手套、防護口罩、防護眼鏡等防護裝備。
2)電子內窺鏡應用后，立即用自來水清洗，去掉粘在軸上的血液和血液。然后，用浸有酶洗滌劑的海綿擦拭，然后用自來水清洗。如果用力摩擦，可能會撕裂包囊軸的外蓋，所以要小心。如果蛋白質成分殘留，會與消毒劑凝固，所以不要忽視這個過程。
3-1)使用電子內窺鏡自清潔消毒裝置時，請根據每個裝置的說明進行清潔消毒。將電子內窺鏡小心翼翼地放入槽內，使整個電子內窺鏡滲入水中，軸不會被水流破壞。
3-2)當電子內窺鏡無法使用自清潔消毒裝置時，將消毒劑倒入裝有所有電子內窺鏡的容器中，滲入。戊二醛浸漬時間為10分鐘，鄰苯二甲酸和過氧化氫浸漬時間為5分鐘。浸泡時，去掉電子內窺鏡周圍的小水泡，以確保與消毒劑充分接觸。次氯酸鈉溶液具有金屬材料的腐蝕性，因此避免長期浸泡。浸泡后，去掉對人體有害的消毒劑。
4)去掉電子內窺鏡外表面的水分并擦拭。
