內鏡清洗工作站的工作分為初洗工作。→酶洗→沖洗浸泡消毒→末洗→干燥→無菌儲存使用幾個步驟。清洗干凈是避免再次使用感染的基本工作，但也有干燥的前提。如果內窺鏡在標準程序清洗后不能保持，殘留在其上的水分可能會導致微生物生長，并在設備表面形成生物膜。
內窺鏡清洗工作站的干燥步驟是內窺鏡器械清洗干凈后抑制病菌的關鍵。內窺鏡和手術內窺鏡需要在接觸破損粘膜或無菌組織時進行消毒和使用，而器械清洗和干燥是消毒成功的前提。在干燥步驟中，內窺鏡清洗工作站有專門的干巾和干燥平臺，干燥后的內窺鏡可以存放在儲物柜中。對于標準的內窺鏡清洗步驟，擦拭和干燥實際上是在使用后開始的。
內窺鏡從患者身體取出后，需要先擦拭，用含有清潔液的濕巾或濕紗布擦拭；其次，在內窺鏡清洗工作站的漂洗過程中，需要用擦布擦拭內窺鏡外表面、按鈕和閥門；還有干燥步驟。內窺鏡、按鈕和閥門應放置在內窺鏡清洗工作站鋪設的專設干燥平臺上，內窺鏡外表面、按鈕和閥門應使用無菌擦布和壓力氣槍進行干燥。這里建議，為了保證干燥時的消毒效果，無菌毛巾應每4小時更換一次，否則潮濕的無菌毛巾會增加更多的污染機會，影響更多的干燥效果。
